BIO-info

Forskning – Uke 46

 

QIAGEN Bioinformatics Microbial Genomics hands-on workshop the 7th of Dec. from 9.30 – 16.00.
QIAGEN BIOINFORMATICS HANDS-ON WORKSHOP (7th of Dec from 9.30 to 16.00): From data to discovery with the QIAGEN Microbial Genomics Pro Suite.
The expanding field of metagenomics leaves researchers struggling to convert data generated with a wide range of open source tools into meaningful insights. The Microbial Genomics Pro Suite integrates a comprehensive set of tools for metagenomics into a scalable and user friendly platform.
Metagenomics applications are supported with workflows for the analysis of 16S-, 18S rRNA, or other amplicon data. Further included are workflows for whole metagenome assembly, and the functional analysis of metagenomic data. The recent launch of the CosmosID plugin completes the range of metagenomics applications. The plugin offers best in class taxonomic profiling and pathogen identification and can handle shotgun metagenomics data as input.
To convert microbiome data into biologically meaningful insights, all metagenomics applications are completed with workflows for the statistical analysis of differential abundance in the context of metadata. The user can explore changes in composition or function associated for instance with health or dysbiosis.
A package of workflows for the analysis of outbreaks based on isolate genome data extends the utility of the Microbial Genomics Pro Suite for researchers focusing on epidemiology, food safety and public health.

If you are interested, then join our workshop the 7th of Dec 2016 and learn more about the QIAGEN Microbial Genomics Pro Suite and try it out yourself. You will get a 6 weeks license for you to try out the software with your own data after the workshop

Sign up here

Deadline is 2nd of Dec at 16.00. There is a limit of 20 people for the workshop and registration will be on a first come, first served basis.

Hope to see you there.

Kommende aktiviteter – Uke 46

 

Disputas Alexander Plotkin: “Phylogeny and taxonomy of Polymastiidae (Porifera: Demospongiae)”
Veiledere: Hans Tore Rapp og Endre Willassen.
Bedømmelseskomite: Head of Department Tim J. Littlewood, Department of Life Sciences, Natural History Museum , UK, Associate professor Tomas Cedhagen, Department of Bioscience, Århus University, Denmark, Associate Professor Svein Rune Erga, Department of Biology, University of Bergen.
Leder av disputasen: Professor emeritus Petter Larsson, Universitetet i Bergen
Tid og sted: Tirsdag 22. november, kl 12:15, Auditoriet Vil Vite, Thormøhlens gt. 51.

 

Disputas Oliver Vöcking:The larval photoreceptors of the mollusk Leptochiton asellus”
Veiledere: Harald Hausen og Jon Vidar Helvik.
Bedømmelseskomite: Professor Dan-Erik Nilsson, Lund Universitet, Sverige, Gruppeleder Juan Ramón Martinez Morales, Pablo de Olavide Universitet, Spania, Førsteamanuensis Ståle Ellingsen. Institutt for biologi, Universitetet i Bergen.
Leder av disputasen: Professor Audrey Geffen, Universitetet i Bergen
Tid og sted: Mandag 28. november, kl. 10:15, Auditoriet Vil Vite, Thormøhlens gt. 51.

 

Phd. Midtveisevaluering Oliver Müller: “Microbial communities in arctic environments. The effects of thawing permafrost soils on biogeochemical processes driving the terrestrial and marine carbon cycle development ”
Oliver Müller vil presentere status og fremdrift for sitt ph.d. prosjekt.
Veiledere: Lise Øvreås, Janet Jansson og Gunnar Bratbak.
Evalueringspanel: Førsteamanuensis Anne Bjune(leder), Professor Frede Thingtad, Forsker Sigrunn Eliassen.
Tid og sted: Fredag 25. november, kl. 14:15, Seminarrom K1, Biologen.
Alle interesserte er velkommen!

Nye Artikler – Uke 46

bioinfo banner

 

Brietzke A, Borchel A, Altmann S, Nipkow M, Rebl A, Brunner RM, Goldammer T(2016) Transcriptome sequencing of maraena whitefish (Coregonus maraena). Marine Genomics 29:27-29 http://dx.doi.org/10.1016/j.margen.2016.05.006

Hestetun JT, Pomponi SA, Rapp HT (2016) The cladorhizid fauna (Porifera, Poecilosclerida) of the Caribbean and adjacent waters. Zootaxa 4175 http://dx.doi.org/10.11646/zootaxa.4175.6.2

Imsland AK, Reynolds P, Nytrø AV, Eliassen G, Hangstad TA, Jonsdottir ODB, Emaus P-A, , Elvegård TA, Lemmens SCA, Rydland R, Jonassen TM (2016) Effects of lumpfish size on foraging behaviour and co-existence with sea lice infected Atlantic salmon in sea cages. Aquaculture 465:19-27 http://dx.doi.org/10.1016/j.aquaculture.2016.08.015

Routti H, Lille-Langøy R, Berg MK, Fink T, Harju M, Kristiansen K, Rostkowski P, Rusten M, Sylte I, Øygarden L, Goksøyr A (2016) Environmental Chemicals Modulate Polar Bear (Ursus maritimus) Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Gamma (PPARG) and Adipogenesis in Vitro. Environmental Science & Technology 50:10708-10720 http://dx.doi.org/10.1021/acs.est.6b03020

Van Ekert E,Chauvigne F, Finn RN, Mathew LG, Hull JJ, Cerda J, Fabrick JA (2016) Molecular and functional characterization of Bemisia tabaci aquaporins reveals the water channel diversity of hemipteran insects. Insect Biochemistry and Molecular Biology 77:39-51 http://dx.doi.org/10.1016/j.ibmb.2016.07.010

Hamre K, Sissener NH, Lock E-J, Olsvik PA, Espe M, Torstensen BE, Silva J, Johansen J, Waagbø R, Hemre G-I.(2016) Antioxidant nutrition in Atlantic salmon(Salmo salar) parr and post-smolt,fed diets with high inclusion of plantingredients and graded levels ofmicronutrients and selected amino acids.
PeerJ 4:e2688 https://doi.org/10.7717/peerj.2688

 

 

 

Kommande aktiviteter – Veke 44

Mastereksamen – Ida Vee:  Towards improved management of deep-sea sponge grounds in Norwegian waters

Ida Vee holder fredag 4. november avsluttende presentasjon av sin masteroppgave i Biologi – marinbiologi

Veiledere: Hans Tore Rapp, Joana Xavier.  Eksternsensor:  Jussi Evertsen, Frøya videregående skole. Internsensor:  Bjørn Arild Hatteland

Tid og sted: Fredag 4. november kl. 10:15, Lille auditorium, HIB

Alle interesserte er velkommen.

 

Ph.d. Prøveforelesning Jon Thomassen Hestetun:  ” Evolutionary and ecological adaptations to life in the deep-sea”.

Bedømmelseskomite:  Førsteamanuensis Ida Helene Steen, Forsker Anne Helene Solberg Tandberg,  Postdoc Joana R Xavier

Tid og sted: Onsdag 9. november kl. 10:15.  Seminarrom K3, Blokk B, Biologen

Alle interesserte er velkommen

 

Ph.d. Prøveforelesning Oliver Vocking:  “Circadian rhythms and evolution”.

Bedømmelseskomite: Forsker Elsa Denker, Førsteamanuensis Odd Andre Karlsen, Førsteamanuensis Ståle Ellingsen

Tid og sted: Fredag 11. november Grupperom 209N1, 2. etasje, datablokken, HIB

Alle interesserte er velkommen

 

Har me gløymd biologien i all teknologien?

Debatt onsdag 2. november (19:30-21:30) i Boksalongen i Østre Skostredet.

Les meir på Facebook.

 

Fiskesvømming – Kurs sommeren 2017

Les meir her: Fish swimming AD 2017.

 

Bruk av insekt som mat

NICE seminar Bergen

Nye artiklar – Veke 44

Eggestol HO, Wegeland HI, Ronneseth A, Tollefsen KE, Haugland GT (2016) Distribution of the potential DC-markers DEC205, Langerin, DC-LAMP and DC-SIGN within tissues of Atlantic salmon (Salmo salar L.) and their response upon challenge with microbes. European Journal of Immunology 46: 943-944

Harvey AC, Juleff G, Carvalho GR, Taylor MI, Solberg MF, Creer S, Dyrhovden L, Matre IH, Glover KA (2016a) Does density influence relative growth performance of farm, wild and F-1 hybrid Atlantic salmon in semi-natural and hatchery common garden conditions? Royal Society Open Science 3 http://dx.doi.org/10.1098/rsos.160152

Harvey AC, Solberg MF, Glover KA, Taylor MI, Creer S, Carvalho GR (2016b) Plasticity in response to feed availability: Does feeding regime influence the relative growth performance of domesticated, wild and hybrid Atlantic salmon Salmo salar parr? Journal of Fish Biology 89: 1754-1768 http://dx.doi.org/10.1111/jfb.13076

Jansson E, Taggart JB, Wehner S, Dahle G, Quintela M, Mortensen S, Kvamme BO, Glover KA (2016) Development of SNP and microsatellite markers for goldsinny wrasse (Ctenolabrus rupestris) from ddRAD sequencing data. Conservation Genetics Resources 8: 201-206 http://dx.doi.org/ 10.1007/s12686-016-0532-0

Rojas-Garcia CR, Applebaum SL, Morais S, Ronnestad I (2016) Trans-intestinal absorption rates differ between free amino acids during larval development in Atlantic herring (Clupea harengus). Aquaculture 464: 222-228 http://dx.doi.org/10.1016/j.aquaculture.2016.06.029

Skarpaas O, Meineri E, Bargmann T, Potsch C, Topper J, Vandvik V (2016) Biomass partitioning in grassland plants along independent gradients in temperature and precipitation. Perspectives in Plant Ecology Evolution and Systematics 19: 1-11 http://dx.doi.org/10.1016/j.ppees.2016.01.006

Smage SB, Frisch K, Brevik OJ, Watanabe K, Nylund A (2016) First isolation, identification and characterisation of Tenacibaculum maritimumin Norway, isolated fromdiseased farmed sea lice cleaner fish Cyclopterus lumpus L. Aquaculture 464: 178-184 http://dx.doi.org/10.1016/j.aquaculture.2016.06.030

Steinum TM, Karatas S, Martinussen NT, Meirelles PM, Thompson FL, Colquhoun DJ (2016) Multilocus Sequence Analysis of Close Relatives Vibrio anguillarum and Vibrio ordalii. Applied and Environmental Microbiology 82: 5496-5504 http://dx.doi.org/10.1128/aem.00620-16

Jubilant

Professor T. Frede Thingstad, Institutt for Biologi, Universitetet i Bergen, fyller 70 år 21. desember 2016 og går dermed av med alderspensjon. I den anledning ønsker forskningsmiljøet i Bergen å hedre Frede for hans banebrytende forskning ved å arrangere et åpent vitenskapelig seminar som vil finne sted 2. desember fra kl 10:00 til 15:00 på VilVite.

Frede er en av verdens fremste forskere innen marin mikrobiell økologi og hans arbeid med utformingen av konseptuelle og matematiske modeller av det mikrobielle næringsnettet har hatt stor innflytelse på forskningsfeltet. I 1983 var han sentral i utformingen av konseptet «The Microbial Loop» som førte til et paradigmeskifte innen fagfeltet og i 1997 lanserte han «Killing- the-Winner» som et sentralt begrep for å beskrive sammenhengen mellom prosesser og aktører i den marine mikrobielle næringskjeden.

For å hedre Frede har vi inviterte fire internasjonalt anerkjente forskere og utfordret dem til å belyse Fredes arbeid fra ulike perspektiv. Disse forskerne er:

  • Farooq Azam (Scripps Institution of Oceanography): Marin mikrobiologi
  • Forest Rohwer (San Diego State University): Molekylær økologi og “omics”
  • Christiane Lancelot (Université Libre de Bruxelles): Økosystemmodeller og teori
  • Dag O Hessen (Universitetet i Oslo): Generell biologi og evolusjon

Frede Thingstad

Velferd, personal og HMS – Veke 44

Nyansatte

Siri Vatsø Haugum

Siri Vatsø Haugum: ansatt 12. september 2016 som stipendiat i plantesamfunnsøkolog.

Karina Dale

Karina Dale: ansatt 17. oktober 2016 som stipendiat i miljøtoksikologi.

Lindsey Moore Camilla Osberg

 

Lindsey Moore og Camilla Osberg ble ansatt i faste stillinger frå 1. oktober 2016 som overingeniør knyttet til forskningsgruppene i fiskehelse og undervisningen ved profesjonsstudiet i fiskehelse.

Renate_Hvidsten_Skoge

Renate Hvidsten Skoge: ansatt 16. august 2016 som forsker i revers genetikk.

 

Nytt samlingspunkt ved brann

Samlingsplass ved brann er ved Propellen mellom Data-blokken og VilVite senteret.

 

New doctorate

Perpetra Akite was awarded her doctorate under a cotutelle agreement between UiB and the University of Makerere, Uganda. She was a PhD student on the Matrix project and her thesis was on the spatial and matrix influences on the biogeography of insect taxa in forest fragments in central Uganda, supervised by Richard Telford (EECRG) and Anne Akol and Hugh Rowell (Makerere University). Her defence presentation on the 20 October 2016 was rated as excellent.

 

Congratulations to Dr Perpetra Akite.

Perpetra_Sling_demo_AEycott

Here is a photo of her at her defence, demonstrating using a sling! Photo by Amy Eycott.

Kommende aktiviteter – Uke 42

 

bioCEED seminar

Lage (bruk av) videoer i undervisning og læring, les mer her!
Tid og sted: 26. oktober, kl: 14:15-15:00, Biologen, Seminar room K1.

Alle er velkommen!

 

Mastereksamen – Andreas Gilje Sjøberg: Physiological characterization of a novel strain within Rhodobacteracea, isolated from a biolfilm sample on a barite chimney at the Loki’s Castle Vent Field
Andreas Gilje Sjøberg holder torsdag 27. oktober avsluttende presentasjon av sin masteroppgave i Biologi – mikrobiologi (geobiologi)
Veiledere: Ida H. Steen, Håkon Dahle
Eksternsensor: Mette Svenning, UiT
Internsensor: Gunnar Bratbak
Tid og sted: 27. oktober kl 13:00 på Senter for geobiologi, lunchrommet.

 


Mastereksamen –
Roar Leksen: Traceable lice strain of Lepeophtheirus salmonis (Krøyer 1837) as a tool for studying lice dispersion
Roar Leksen holder fredag 28. oktober avsluttende presentasjon av sin masteroppgave i havbruksbiologi.
Veileder: Frank Nilsen.
Internsensor: Kristin Hamre.
Sensor: Ørjan Karlsen, HI
Tid og sted: Fredag 28. oktober, kl. 10:15, Seminarrom K3, Biologen.

Alle interesserte er velkommen!